牙龈根部肿痛是临床上比较常见的现象，可能由于牙周炎、急性根尖周炎，以及智齿冠周炎等因素导致，其治疗药物要根据具体情况进行分析。
1、牙周炎：患者应进行牙周袋冲洗，用双氧水、盐水进行反复冲洗，可以将牙周袋内的食物残渣、软垢、游离细菌、脓汁、菌斑冲洗掉，外用碘甘油控制炎症。另外双氧水可以释放出氧离子，改变牙龈沟内的厌氧环境，抑制厌氧菌生存，配合认真刷牙的方法可以控制炎症，同时可以口服消炎药，建议口服头孢菌素类抗生素和甲硝唑类药物，临床上常用的头孢菌素类药物有头孢克肟、头孢拉定等，临床上常用的甲硝唑类药物有甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等，可以选择一种头孢菌素类抗生素，加用甲硝唑类药物配合使用；
2、急性根尖周炎：如果是急性根尖周炎造成的牙龈根部肿痛，需要进行开髓引流，钻开牙齿使根尖周围的炎性渗出物、脓汁，通过根管引流到口腔中，可以控制炎症，再配合全身抗炎治疗，使用消炎药物，临床上常用的有红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，待炎症控制以后再进行根管治疗；
3、智齿冠周炎：如果是智齿冠周炎引起的牙龈根部肿痛，需要进行冠周盲袋冲洗，可以通过口服消炎药物控制炎症，可以选用螺旋霉素或者克林霉素，以及甲硝唑片等药物，还要拍摄X线片判断是否需要拔除智齿。
出现牙龈根部肿痛的情况，最好到正规医院的口腔科进行检查，明确病因进行针对性治疗。患者要注意口腔卫生，养成饭后漱口以及勤刷牙的习惯，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重口腔疾病。