對人類亂倫禁忌的起源，歷來有兩種不同的看法。弗洛伊德和列文-斯特勞斯認爲亂倫禁忌是文化現象。弗洛伊德相信，由於人類普遍存在戀父、戀母情結，因此爲了抑制在家庭成員中自然産生的性慾望，必須強加一種亂倫禁忌的道德觀念。他在十九世紀末時，在治療一名患有歇斯底里(hysteria)症的女病人時，提出了所謂誘惑理論(seduction
theory)，假設此病人之種種症狀是因為和其父親有性接觸，後於1984年由Miller將此理論重新命名為著名的創傷理論(trauma
theory)。但在當時整個社會是屬於保守的「維多利亞式」的社會價值與傳統壓力下，佛洛伊德放棄了原先提出的誘惑理論，而改為提出了伊底帕斯情結(oedipal
complex)，即指孩童(約為3至5歲)對於父母中之異性者(兒子對母親或女兒對父親)性慾望需求壓抑的內在歷程。在此段期間男童特別依戀母親，女童特別依戀父親，此種依戀不僅是安全與感情需求的滿足，而且是帶有性衝動的傾向。
與弗洛伊德同時的芬蘭社會學家威斯特馬克(Edward
Westermarck)的觀點恰好相反，把亂倫禁忌當成遺傳現象。他認爲其起因是因爲熟悉消滅了性慾望，也就是說，兒童發育時期的親密關係(母子之間，同胞之間)導致性吸引力的消失。威斯特馬克認爲，這是自然選擇的結果，因爲亂倫後代得隱性遺傳病的機率大大增加，具有生存劣勢。也就是說，生物學的原理是支援這種解釋的。那麽來自其他方面的證據又如何呢？多年來，社會生物學家和進化心理學家做了大量研究，都支援威斯特馬克的先見之明。
跨文化的人類學研究表明，所有的人類社會，不管多麽野蠻，也都存在亂倫禁忌，也就是說，這很可能是與文化無關的一種本能。社會生物學的研究表明，所有的靈長類動物都存在亂倫禁忌，那麽人類做爲靈長類的一員，似乎也應該有這樣的本能。這種現象，最早於五十年代在日本的一個動物園觀察到。那裏飼養的日本獼猴存在著社會等級制度，最高等級的雄猴與任何一頭雌猴頻繁交配，卻避開了它的母親。
Westermarck(1995)提出亂倫迴避假說，研究二次世界大戰時，以色列的一集體農場(kibbutz)發現，若三歲以前便關在一起的男女童，彼此間的感情雖然深厚，卻不存在性的吸引力，即使長大後，他們的結婚與生育率皆相當低。相對於西方的社會
在華人的社會中，有關亂倫這方面的文獻研究是相當有限的。華人關係主義與美國史丹努大學人類學家Arthur
Wolf(1995)在台灣北部的某些農村地區，所做的有關童養媳(child-bride)婚姻與家庭的特殊研究中亦發現，若三歲以前便已入住準丈夫家中之童養媳，則長大後之生育率亦相當低。
由Westermarck提出的「亂倫迴避(incest
avoidance)」假說，與由佛洛伊德所提出的「亂倫禁忌(incest
taboo)與伊底帕斯情結」，兩者引起了一個相當大的爭議。根據伊底帕斯情結之論述，表示亂倫之所以會發生是因為孩童(約為3至5歲)對於父母中之異性者(兒子對母親或女兒對父親)性慾望需求的壓抑；而亂倫迴避論述則表示孩童若於童年越早期(尤其以三歲為關鍵期)，與父母關係越親密，則越無性慾望之表現，而較不會發生亂倫。
由於風俗習慣和文化傳統不同，人們對亂倫行爲的看法和處置也不同，並不是世界上所有地方都把亂倫看成一種禁忌。例如，馬格裏·米德發現：『阿爾卑斯山區的居民對於兄弟姐妹之間的性關係不感到大驚小怪。他們倒認爲，發生這種事似乎是有點愚蠢，還不如將姐妹送給另一個值得信任和令人喜歡的男人，這樣可以得到一門好親戚。』相反地，美國的法律是不容許亂倫的，法庭曾經裁決一對夫婦的婚姻無效：『這對夫婦是麻塞諸塞州的兄妹們，妹妹24歲，她和哥哥分別由兩個不同的家庭所收養。』姻親之間的性行爲比有血緣關係的人之間的性行爲更容易爲人們所接受。一位婦女與其丈夫的兄弟之間的性關係被認爲是可容忍的。按照某些地方的風俗習慣，丈夫死後，其妻子就屬於死者的兄弟。古代猶太人就有這方面的立法。但是，薩格林指出，禁止亂倫是有其生物學根據的，遺傳特性很相近的男女之間所生育的孩子容易發生畸形或缺陷，而沒有血緣關係的姻親之間其遺傳特性有較大的差別。